Temos como senso comum um tipo de conhecimento ou interpretação da realidade da qual adquirimos no nosso dia-a-dia, baseado na tentativa/erro/acerto, puramente intuitivo, que dependendo dessas experiências empíricas criam-se hábitos que com o tempo passa a tradição e integra o conhecimento de um certo grupo social se tornando um tipo de main-stream de determinada época, subjugando interpretações das minorias. O ser humano conseguiu viver e evoluir milhares de anos sem a ciência.
Galileu foi considerado um louco na sua época com sua teoria heliocentrica. 
Já ciência como atividade adquirida de forma sistemática, reflexiva, encadeando um conjuntos de conhecimentos que abarca verdades gerais ou a operação de leis gerais que estes são baseadas em experiências rigorosas e obedecendo o método científico.
Vendo isto já percebemos que tanto o senso comum como a ciência vem da necessidade do ser humano compreender o mundo e a si mesmo. Porém o senso comum é criticado por sua passividade com que o individuo recebe e aceita tais conhecimentos levando o individuo a ter comportamentos as vezes idiotas (O mito da chinela emborcada, a versão que eu ouvi dizia que quem deixasse a chinela emborcada a mãe morria.) ou se pondo de maneira vulnerável as vontades das instituições, classes e ideologias dominantes (‘ismos’ de todos os tipos).
Duvido você deixar ela como está.
Já a ciência busca um senso crítico, refinado, lógico, liberta o indivíduo para dúvida, faz perceber ‘que nada é porque é’, que só porque certa atitude funciona ela não necessariamente é a melhor forma.
Resumindo a ciência é o refinamento do senso comum, um passo além, mas por esse mesmo motivo que não podemos simplesmente ignoras o senso comum.
Referências:
Paratexto.
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